Централната медицинска библиотека е основана во 1947 година заедно со основањето на Медицинскиот факултет. Во почетокот Факултетот и Библиотеката биле сместени во Централниот хигиенски завод. Во 1949 год. со изградбата на институтската зграда, и Централната библиотека добила свои простории на првиот кат од оваа зграда, а подоцна во приземјето каде и денес се наоѓа. Во 1968 год. е изградена дополнителна едноспратна зграда во дворот на Институтите. Вкупната површина на овие две простории изнесува 545 м2. Во 1969 год. во студентската населба „Невена Георгиева-Дуња” прилагодена е една барака како Студентска библиотека и читална со површина од 180 м2, каде студентите можеа да позајмуваат книги и да учат за колоквиуми и испити. Поради пандемијата со вирусот COVID-19, заради подобра пристапност до Универзитетската клиника за инфективни болести, на почетокот на март 2020 год. оваа барака е срушена. Од октомври 2021 год. Студентската библиотека е сместена во поранешните простории на Институтот за социјална медицина, а нова Студентска читална има во надградбата на институтската зграда. Од основањето до денес Централната библиотека се наоѓа во склопот на Деканатот на Медицинскиот факултет и е под непосредно раководство на Деканот на факултетот.